Bischof Gregorius schickte den jungen Priester 1930 auf seinen ersten Seelsorgeposten: Als Vikar in Schwyz. Diese Jahre waren durch intensive Jugendarbeit geprägt: Präses der katholischen Jungmannschaft (ab 1931); Mitbegründer des "Schweizerischen Jungwachtbundes" (1934); Einrichtung einer Freizeitwerkstätte; Gründung eines Knabenchors; Begründer der Waldbubenhütte "Hirschgärtli"; Gemeinschaftsarbeit "Waldbuben-Ferienlager"; Schwyzer Krippenbau; Sternfahrt "ZUJUTA" der Jungmännerbünde und Jungmannschaften (20. August 1933).
Am 1. August 1937 begann für Josef Konrad Scheuber am St.-Karli-Quai 12 in Luzern ein neuer Aufgabenbereich: Jugendseelsorge am Generalsekretariat des Schweizerischen Katholischen Jungmannschaftsverbandes (SKJV) als Mitarbeiter von Dr. Josef Meier, Redaktor, Kursleiter und Wanderprediger in der deutschen Schweiz. JKS war der Begründer der Theater-Abteilung und des "Filmberaters", leitete 1939 den Jungmannschaftspilgerzug nach Rom und Assisi und organisierte am 8. September 1941 zum Jubiläumsjahr "650 Jahre Eidgenossenschaft" eine Rütlitagung unter dem Motto "Rütli-Füür" mit rund 8000 Jungmännern aus der Innerschweiz.
In den Jahren 1943-1946 amtete Josef Konrad Scheuber im glarnerischen Näfels als Vikar und Schriftsteller.
Im Herbst 1946 konnte Josef Konrad Scheuber als Wallfahrts-Vikar und Mitorganisator der bevorstehenden Heiligsprechungs-Feiern zu Werner Durrer in die Bruder-Klausen-Kaplanei Sachseln einziehen. Geistiges Studium der Quellen, schriftstellerisches Arbeiten und organisatorische Aufgaben verschiedenster Art gingen miteinander Hand in Hand.
Renovation der Heiligtümer in Sachseln, Flüeli und im Ranft, Anlage eines Waldweges zur Ranftklause, Planung und Gestaltung des Festplatzes (mit der grossen Bruder-Klausen-Figur von Bildhauer Albert Wider von Widnau) und Leitung einer Presse- und Informationsstelle im Hinblick auf das grosse festliche Ereignis sind nur einige Tätigkeiten unter der Ägide von Josef Konrad Scheuber während seiner Zeit in Sachseln. In enger Zusammenarbeit mit seinem ehemaligen Musiklehrer J.B. Hilber am Kollegium St. Fidelis wurde eine Festmesse geschaffen. Scheuber schrieb für die Feierlichkeiten in Sachseln auch eine "Huldigungsandacht zum Hl. Bruder Klaus" und arbeitete als Mitautor am offiziellen Gedenkbuch der Heiligsprechung von Bruder Klaus.
1948 lebte Josef Konrad Scheuber im gastlichen Pfarrhaus seines Vetters, Pfarrer Karl Scheuber, in Bürglen. Errichtung des Riedertaler Kreuzweges, Restauration der Tellskapelle, "Der Geissbueb vom Etzlital" sind Stichworte aus seiner einjährigen Tätigkeit. Die Verbundenheit mit Bürglen blieb: 1957 Jubiläumsfeier "1100 Jahre Bürglen" mit Festspiel und Tellausstellung, erster Konservator und Seele der Tellmuseumsgesellschaft, 1966 Eröffnung des Tellmuseums im Wattigwilerturm, 1968 Ehrenbürgerrecht von Bürglen.
Von 1949 bis 1990 lebte Josef Konrad Scheuber in Attinghausen, wo er - wie er sich selber auszudrücken pflegte - als "halber Pfarrhelfer" und "halber Schriftsteller" wirkte.
Der Pfarrhelferdienst umfasste vor allem die werktägliche Frühmesse, der Sonntagsgottesdienst mit Predigt, der Religionsunterricht bei den Erstbeicht- und Erstkommunion-Kindern und in der Oberstufe, sonntägliche Christenlehre, Haus- und Krankenbesuche, sommerliche Stall-, Vieh- und Alpsegnungen, Leitung von Jungmannschaft und Jungwacht, die während Jahren die Gestaltung der Bundesfeier und - in Zusammenarbeit mit dem Cäcilienverein - das Dorftheater besorgen, zahlreiche Festpredigten, das Verfassen von Gebetbüchern.
Nach seiner Resignation als Pfarrhelfer 1978 betreute Josef Konrad Scheuber weiterhin die beliebten Altersnachmittage.
Die Pfarrhelferei, welche Scheuber den Namen "Brückenhaus" gibt, wurde sein Heim. Von hier aus entfaltete Josef Konrad Scheuber ein überaus reichhaltiges und vielfältiges Werk. Es lässt sich neben der Seelsorgetätigkeit in folgende Bereich gliedern: